Prince of Persia - The Two Thrones fängt bei dem alternativen Ende von Warrior Within an. Der Prinz ist mit Kaileena auf dem Weg in seine Heimat, um endlich den Frieden zu finden, nach dem er sich so lange gesehnt hatte. Doch bei seiner Ankunft findet er ein vollkommen zerstörtes Königreich vor. Kaileena wird gefangen genommen und vom Wesir getötet, wodurch sich der Sand der Zeit erneut freisetzt. Auf seiner Flucht vor seinen Verfolgern muss der Prinz zu allem Übel feststellen, dass auch er vom Sand der Zeit befallen worden ist und fortan gegen seinen schlimmsten Feind kämpfen muss, den Dunklen Prinzen, dessen Geist langsam Besitz von ihm ergreift…
