Die Geschichte basiert auf einer zoroastrischen Legende.
Vor langer Zeit existierten die Zwillingsgötter Ormazd und Ahriman. Ahriman, der böse der Zwillinge, überzog das Land mit seiner Dunkelheit bis es Ormazd, dem gutem Zwilling, gelang ihn und seine Dunkelheit im "Baum des Lebens" einzusperren. Zu Beginn hatte der "Baum des Lebens" viele Wächter. Doch im Verlauf der Zeit wurden es immer weniger, bis schließlich keiner mehr übrig blieb.
Ein paar hundert Jahre später findet sich ein Abenteurer auf der Suche nach seinem Esel in einem Sandsturm wieder. Als der Sturm vorbei ist, sieht er eine Oase mit dem "Baum des Lebens" in deren Mitte und wird Zeuge der Zerstörung dieses Baumes, wodurch Ahriman freigelassen wird und seine dunkle Substanz, die Dunkelheit erneut das Land und die Luft überziehen und vergiften kann. Der Prinz muss sich mit seiner Tod-bringenden Begleiterin Elika verbünden, um die Welt vor dem Verderben zu retten.
- die Story des Spiels hat mit der, der Sands of Time Trilogie nichts mehr zu tun
